納豆の容器は酸への耐性があるものを使用しております。

また、納豆に含まれる納豆菌はほとんどが芽胞（がほう）と呼ばれる、耐久性の高い状態となっておりますので、お酢で死滅することはないと考えます。

お酢を納豆に加えると、ふわっとした泡立ちや糸引きが弱くなる、納豆の臭いが抑えられる、ということがあるようです。