納豆菌は、納豆汁に入れる程度（90℃前後で数分）ではほとんど死滅しません。
しかし、長時間煮込んだり、100℃以上で調理すると（フライ、炒め物等）ある程度死滅します。

ナットウキナーゼは、70℃程度で失活するといわれています。